除了产品质量得不到保障外，另一方面，目前，恒昌医药直供专销模式下的自有品牌药品批件、生产及供应均来源于上游制药企业，可获取的药品品种、产品品规、药品供应稳定性一定程度受到上游制药厂商自身拥有的药品批件品种及生产计划的限制。
此外，市场上一些需求量较大且药品批件较为稀缺的品种或剂型，上游制药企业出于自身品牌策略及渠道维护等方面的考虑，往往不会通过商标授权方式与第三方开展产品生产合作，导致恒昌医药难以获取一些独家、稀缺的药品品种或者市场需求较大的产品品规。